اقر الرئيس المصري حسني مبارك ضمنا بالطابع الطائفي لهجوم نجع حمادي الذى اودى بحياة ستة اقباط وشرطي مسلم عشية عيد الميلاد القبطي قبل اسبوعين واعتبر انه "ادمى قلوب المصريين".
ودعا مبارك في كلمة القاها بمناسبة الاحتفال السنوي بعيد العلم في مصر المثقفين والمفكرين والدعاة المصريين الى "محاصرة الفتنة".
واضاف"رغم تعليماتى بسرعة تعقب مرتكبي هجوم نجع حمادي ومعاقبتهم بقوة القانون وحسمه فإننى أسارع بتأكيد أن عقلاء هذا الشعب ودعاته ومفكريه ومثقفيه وإعلامييه يتحملون مسؤولية كبرى فى محاصرة الفتنة والجهل والتعصب الأعمى والتصدى لنوازع طائفية مقيتة تهدد وحدة مجتمعنا وتماسك أبنائه".
وتابع انه يتطلع الى "مجتمع متطور لدولة مدنية حديثة، لا مجال فيه لفكر منحرف يخلط الدين بالسياسة والسياسة بالدين، لا مكان فيه للجهل والتعصب والتحريض الطائفي، يرسخ قيم المواطنة بين أبنائه قولا وعملا، ولا يفرق بين مسلميه وأقباطه".
وكانت السلطات المصرية وصفت هجوم نجع حمادي بانه محض "حادث جنائي" وانكرت اي طابع طائفي للهجوم.