وكانت المحكمة قد استمعت الى مرافعات الدفاع في القضية وشكك دفاع المتهمين في مدى مصداقية روايات شهود الإثبات، وهم ضباط من مباحث أمن الدولة والذين أجروا التحريات اللازمة قبل مرحلة اصدار النيابة أوامرها للقبض على أعضاء الخلية، حيث سيدفع الدفاع بتناقضات شابت روايات الشهود، والدفع بانتفاء صلة المتهمين بالأسلحة والمتفجرات، وعدم استهدافهم الإضرار بالمصالح المصرية.
كما دفع المحامون بعدم اختصاص المحكمة بالنظر في القضية، حيث إن الجرائم التي نسبت للمتهمين لم ترتكب في القاهرة حيث تعقد المحكمة.
ويحاكم أعضاء الخلية بعدة تهم تتمثل في التخابر لصالح منظمة أجنبية، والتخطيط لعمليات إرهابية على الأراضي المصرية، واستهداف المجرى الملاحي لقناة السويس وخط سوميد للبترول.