– الدفاع: اللجان العسكرية يمكنها فقط محاكمة اجانب يعتبرون في حالة حرب مع الولايات المتحدة عن اي جريمة حرب، حتى لو ارتكبت قبل اعتداءات 11 ايلول 2001.
والمتهمون ملزمون بان يتولى الدفاع عنهم محام عسكري واحد على الاقل اضافة الى محام مدني واحد او اكثر يختارونهم بانفسهم او محام عسكري تعينه لهم وزارة الدفاع الاميركية "البنتاغون" حين يواجهون تهمة تصل عقوبتها الى الاعدام. كما يمكنهم ايضا ان يطلبوا تولي الدفاع عن انفسهم. حيث أنه لا يسمح لغير المحامين الاميركيين بتولي قضايا امامها.
– هيئة المحلفين: تتألف اللجان العسكرية من قاض عسكري صاحب خبرة وهيئة محلفين عسكرية مؤلفة من خمسة اشخاص على الاقل — او اثني عشر عندما يواجه المتهم تهمة عقوبتها الاعدام.
وهم دائما من الضباط الذين يعتبرون عموما اكثر اطلاعا من هيئة محلفين شعبية واكثر قدرة بنظر مؤيدي اللجان العسكرية على تكييف حكمهم مع الادلة المعروضة عليهم لانهم يدركون وقائع الحرب.
– الادلة: في ظل ادارة بوش كانت اللجان تقبل الاعترافات التي يدلي بها المتهم تحت الضغط والاكراه. لكن الصيغة الجديدة تمنع ذلك بشكل تام، كما حدت من استخدام "الادلة غير المباشرة" وهي اتهامات تصدر عن شهود لا يمثلون في المحكمة لتأكيدها.
لكن بامكان القاضي ان يقبل ادلة غير مباشرة في حال تم ابلاغ الدفاع مسبقا بها، وان اعتبرها ذات مصداقية ومن مصلحة القضاء او اذا تعذر لاسباب عملية استقدام الشاهد الى المحكمة. واضاف الكونغرس وجوب ان تقدم النيابة العامة مسبقا للدفاع العناصر التي تعتزم استخدامها ضد المتهم.
– الحكم: تبني هيئة المحلفين قرارها استنادا الى وثائق وشهادات سرية. وهي تقرر بغالبية الثلثين ان كان المتهم مذنبا ثم تحدد العقوبة. والاجماع ضروري في المرحلتين للنطق بعقوبة الاعدام. ويمكن للطرفين الطعن بالحكم امام محكمة الاستئناف الفدرالية في واشنطن.