بعد مقتل زعيم تنظيم القاعدة اسامة بن لادن الاحد في عملية نفذها مجموعة كومندوس اميركية في باكستان، هؤلاء هم ابرز مسؤولي التنظيم الذين تمت تصفيتهم او اعتقالهم منذ هجمات 11 ايلول 2001 في الولايات المتحدة.
أيمن الظواهري الرجل الثاني في التنظيم لازال طليقا.
– في 28 آذار 2002: تم اعتقال الفلسطيني ابو زبيدة المقرب من بن لادن والذي يعد مسؤول عمليات التجنيد للعمليات الخارجية لتنظيم القاعدة، حيث جرت عملية الاعتقال في باكستان.
– في نهاية تشرين الاول: اعتقال السعودي عبد الرحيم النشيري مسؤول عمليات الخليج، في دولة الامارات العربية المتحدة.
– في الاول من آذار 2003 تم اعتقال خالد الشيخ في باكستان، الذي يعد الشخص الثالث في الخلية التي يعتقد انها نفذت هجمات 11 من ايلول في الولايات المتحدة.
– في 14 آب: جرت عملية اعتقال في تايلاند للاندونيسي رضوان عصام الدين (همبالي) والذي يشتبه بكونه ممثل تنظيم القاعدة في جنوب شرق آسيا والعقل المدبر للخلية الاقليمية الجماعة الاسلامية.
– في 18 حزيران 2004: مقتل السعودي عبد العزيز بن عيسى المقرن زعيم تنظيم القاعدة في المملكة العربية السعودية في الرياض. وكان سلفه اليمني خالد علي بن علي الحاج قد قتل بدوره قبل ثلاثة اشهر.
– في الثاني من آيار 2005 تم اعتقال الليبي ابو فرج الذي يعد الشخص الثالث في تنظيم القاعدة وزعيم خلية باكستان في شمال شرق البلاد.
– في 11 آب: تم اعتقال الاردني من اصول فلسطينية عمر عثمان (ابو قتادة) الذي اعتبر لفترة المرشد الروحي لتنظيم القاعدة في اوروبا، وذلك في بريطانيا للمرة الثانية.
– في 27 شباط 2006: مقتل السعودي فهد الجوير بالقرب من الرياض وهو زعيم تنظيم القاعدة في المملكة العربية السعودية. وكان سلفه صالح العوفي قتل بدوره في آب من عام 2005.
– في السابع من حزيران قتل زعيم تنظيم القاعدة في العراق الاردني ابو مصعب الزرقاوي في غارة اميركية على قرية في محافظة ديالى شمال شرق بغداد.
– في 25 ايلول: مقتل الكويتي عمر الفاروق على يد جنود بريطانيين في محافظة البصرة جنوب العراق وهو احد القادة المفترضين لتنظيم القاعدة جنوب شرق اسيا.
– في 29 كانون الثاني 2008 مقتل ابو ليث الليبي احد قادة تنظيم القاعدة في افغانستان واحد المقربين الاوائل لبن لادن، بصاروخ اميركي في شمال غرب باكستان.
– في 18 نيسان 2010 مقتل القائد السياسي لتنظيم القاعدة في العراق ابو عمر البغدادي وقائده العسكري ابو ايوب المصري في عملية اميركية عراقية مشتركة جنوب بغداد.
– في الاول من حزيران 2010: اعلن تنظيم القاعدة مقتل زعيمه في افغانستان المصري مصطفى ابو اليزيد الذي اعتبر الشخص الثالث في تنظيم اسامة بن لادن.
-في الاول من آيار 2011: اعلن الرئيس الاميركي باراك اوباما ان الولايات المتحدة قتلت زعيم تنظيم القاعدة اسامة بن لادن في عملية نفذها مجموعة كومندوس اميركية في ابوتاباد المدينة الواقعة شمال اسلام اباد.