اكد الشيخ عمر بكري "أن لا وجود حقيقياً لتنظيم القاعدة ولا للجماعات السلفية الجهادية في سوريا أو في لبنان"، معتبراً "ان ما يدّعيه النظام السوري هو مجرد افتراءات".
ورأى في تصريح لصحيفة "الجمهورية" أن البيئة السنية في لبنان ليست بيئة حاضنة لتنظيم القاعدة أو للسلفية الجهادية"، وشدد على أن تنامي قوة حزب الله على مختلف الأصعدة يعتبر هاجساً كبيراً عند أهل السنة في لبنان، خصوصاً بعد مناصرة الحزب سوريا الأسد، ما أجّج تنامي هذه الهواجس والمخاوف والمشاعر المذهبية".