وكان البشير خطط للسفر الى جوبا قبل عام لكنه ألغى الزيارة عندما تفجر قتال على الحدود بين البلدين كاد أن يتحول الى حرب شاملة. وقال وزير الاعلام في جنوب السودان بارنابا بنجامين إن “البشير سيناقش مع نظيره الجنوبي سيلفا كير إتفاقات نفطية وأمنية والتجارة عبر الحدود وايضا النزاعات الباقية على مناطق بما في ذلك منطقة أبيي”. وترك انفصال جنوب السودان قائمة طويلة من النزاعات بلا تسوية ومنها مناطق متنازع عليها وقيمة الرسوم التي ينبغي ان يدفعها جنوب السودان – الذي ليس له منفذ بحري – مقابل تصدير نفطه عبر اراضي السودان.
وكان أحدث بلد في افريقيا قد أوقف انتاجه النفطي بالكامل والبالغ 350 ألف برميل يومياً في يناير كانون الثاني من العام الماضي في ذرة النزاع حول رسوم استخدام خط الانابيب وتوقفه ألحق ضرراً باقتصاد كل من البلدين. واتفق الجانبان فيما بعد على استئناف شحنات النفط ومنح الاقامة لمواطني كل من البلدين في البلد الاخر وزيادة حجم التجارة عبر الحدود وتشجيع توثيق التعاون بين مصرفيهما المركزيين.
وسحب البلدان ايضا قواتهما من مناطق الحدود وفقا لاتفاق تم التوصل اليه بوساطة الاتحاد الافريقي في أيلول. والزيارة السابقة للبشير الي جوبا كانت في التاسع من تموز 2011 لحضور الاحتفالات بالانفصال الرسمي لجنوب السودان.