حذّر البطريرك مار إغناطيوس أفرام الثاني “من خطر تعرّض المسيحيين إلى إبادة جماعية من قبل أعداء الإنسانية، فهناك من يسعى إلى إشعال حرب الطائفية في سوريا والعراق ما سيؤدي إلى تهجير المسيحيين وتقليص وجودهم في الشرق الأوسط”، مستنكرا “الاعتداءات الإرهابية من قتل وذبح خصوصا خطف المطرانين بولس يازجي ويوحنا ابراهيم وسط صمت دولي فاضح، والأعمال الإجرامية التي يتعرض لها مسيحيو الشرق الأوسط، ولا سيما في سوريا والعراق من قبل مجرمي داعش وجبهة النصرة، إذ تشكل خرقا واضحا للحق الإنساني الأساسي في الحرية الدينية، فالإرهاب لا يشكل تهديدا للمسيحيين فقط وإنما على الإنسانية في الوطن العربي”.
كذلك، دعا المسيحيين ألا يغادروا أرض الآباء والأجداد لأنهم الأساس في مواجهة ما يجري من فتن، مؤكدا على أنّ “من يقف وراء الفتن وزعزعة الأمن والاستقرار لن ينجح بالعبث بأمن وطننا ووجودنا المسيحي”.