اعتمدت جامعة الروح القدس – الكسليك نظام حوكمة يلائم متطلبات الاعتماد الأميركي، فتكوّن على أثره مجلس الأمناء الأول في تاريخ الجامعة، وذلك بعدما عدل نظامَها الداخلي الأبُ العام الأباتي طنوس نعمة ومجمع الرئاسة العامة في الرهبانية اللبنانية المارونية، بناء على اقتراح مجلس الجامعة.
وقد عقد مجلس الأمناء أول اجتماع له في مدينة نيويورك في الولايات المتحدة الأميركية، فانتخب الدكتور الياس أيوب رئيساً له، والدكتور جورج الترس نائباً للرئيس، والدكتور بسام ديب أميناً للسرّ.
كما تدارس أمور الجامعة وشؤونها واتخذ قرارات مهمة آيلة إلى تطويرها ودعمها على الصعد كافة، ومنها تشكيل لجان تعنى بجوانب عدة من الحياة الجامعية.
يذكر أنّ أعضاء مجلس الأمناء هم: الياس ايوب، جورج الترس، بسام ديب، سليم صفير، الوزير راي لحود، الوزير مروان خير الدين، جوزف صليبا، جايمس غافني، ويليام كليمنتس، توماس صباغ، فادي شمعون، انطوني آشر، بيار شلالا، زياد حايك، شادي كرم، شارل الحاج، والاخت تيريز أنطون، والأب هادي محفوظ.