ندد الشيخ عفيف النابلسي بالمجزرة التي وقعت في كنيسة سيدة النجاة في وسط بغداد، والتي أودت بالعشرات من الأبرياء بين قتيل وجريح، مشيراً إلى اننا أمام وجه جديد من العلاقات المجتمعية في المنطقة يقوم على العنف والتعصب والعدائية. وشدد على ان هذا الواقع يعكس صورة سلبية عن علاقات التعايش القائمة منذ سنين طويلة بين أتباع الأديان والمذاهب على اختلاف مشاربهم، ما يؤشر إلى أن حياة الأقليات الدينية، ستبقى في حال قلق دائم وخوف مستمر إن لم يتم تحصين مجتمعات المنطقة بالثقافة والوعي على وجوب احترام التعدديات الدينية والقومية.
وأكد الشيخ النابلسي إن الإسلام بريء من كل هذه الأفعال الشنيعة التي يقوم بها البعض باسم الإسلام نفسه، مضيفاً: "لا يمكن أن تنسب هذه الأعمال الدموية إلى الإسلام بل إلى أشخاص يجدون مبرر وجودهم باستخدام العنف وإراقة الدماء. ولا شك أن مثل هذه الجماعات تلقى دعما وتشجيعا من جهات مخابراتية أميركية وإسرائيلية لإشاعة الهلع في صفوف الأقليات الدينية".